Фамилия Молоденков отвечает на вопрос «чей?» и образована от личного прозвища Молодой. Это типичная русская «патронимическая» модель: прозвище отца становилось именем для его детей, а затем закреплялось за внуками и правнуками. Здесь к основе Молод- последовательно добавились суффикс -енк-, указывающий на принадлежность («сын Молодого»), и фамильный суффикс -ов.

Прозвище Молодой восходит к прилагательному «молодой». Но за этим словом в народной речи стояло не только указание на возраст. Молодым могли прозвать ловкого, статного и сметливого парня, а в некоторых говорах — сельского волокиту. Не исключено, что фамилия указывала и на род занятий предка: Молодым иногда называли прислужника, помощника, полового в трактире. Так или иначе, прозвище закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии Молоденков.

Интересно, что в русской ономастике форма с суффиксом -енк- чаще встречается на западе и юго-западе России, в зоне влияния украинской и белорусской традиции (ср. Молоденко, Молоденков). Это отличает фамилию от более северных вариантов вроде Молодов или Молодцов, где использовались суффиксы -ов и -ц-. Таким образом, по фамилии можно предположить, что предки носителя жили в районах, где смешивались русские и украинские говоры.

Фамилия не слишком распространена, но встречается в документах с XIX века, преимущественно среди крестьян и мещан. В дворянские родословные книги она не попала, что подтверждает её «прозвищное» происхождение из народной среды.