Фамилия Молоховская звучит как типичная «географическая» фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -ск- указывает на то, что она образована не от прозвища или ремесла, а от названия места: деревни, села или усадьбы с корнем «Молох-». Такие фамилии в XIX веке часто получали дворяне по названию своего поместья, а также духовенство при поступлении в семинарию — им меняли бытовые фамилии на более благозвучные, «польские» по форме. Так что предки носителя фамилии, скорее всего, либо владели землей в местности вроде Молохова или Молоховки, либо были выходцами из такого села, где фамилию дали по месту жительства уже при переписи.

Корень «Молох» в русской ономастике неоднозначен. Самое очевидное — библейское имя языческого божества, которому приносили жертвы. Такие «громкие» имена в основе фамилий встречаются, но редко и обычно в среде духовенства, любившего книжные и символические прозвища. Однако куда вероятнее, что корень — чисто топонимический или диалектный. В русских говорах «молох» могло быть вариантом слова «молох» — так в некоторых регионах называли мелкую рыбу (ерша или бычка), либо же это искаженное «молок» (молочный, белый). Есть и версия, что Молоховскими становились потомки человека по прозвищу Молох — возможно, рыбака или торговца рыбой, но тогда фамилия была бы Молохов или Молоховцев, а не на -ский. Именно суффикс -ск- склоняет чашу весов в пользу географического происхождения.

В польской и западнорусской традиции фамилии на -ский (-ская) были особенно распространены среди шляхты. Молоховские могли быть мелкопоместными дворянами, владевшими хутором Молохово на территории современной Беларуси или Украины. Встречаются упоминания урочищ Молохово в бывших Витебской и Могилевской губерниях — это подтверждает, что фамилия могла закрепиться за выходцами из этих мест. Если же фамилия семинарская, то ее давали по названию церковного праздника или святого, но «Молох» к церковному календарю не относится, поэтому эта версия слабее.

По написанию фамилия женского рода, что типично: Молоховская — это форма для женщины или исходная форма для всей семьи в документах XIX века. Мужской вариант — Молоховский. Фамилия редкая, не входит в сотни самых частых, что подтверждает ее локальное происхождение от конкретного топонима, а не от массового прозвища. Сегодня ее носители могут жить в России, Беларуси и на Украине, и в каждом случае корни стоит искать в карте губерний — там, где на старых планах значится деревня с похожим названием.