Фамилия Молохин — редкий случай, когда основа, скорее всего, не имеет отношения к тому, что приходит на ум первым. Вопреки возможной ассоциации с библейским Молохом (божеством, которому приносили жертвы), корень здесь бытовой и русский. Фамилия образована по стандартной модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Молоха. То есть прозвище Молоха, от которого пошла фамилия, было дано конкретному человеку.

Самая правдоподобная версия связывает основу с глаголом «молоть» (молоть зерно, молоть языком). В говорах «молоха» — это либо болтун, пустомеля, либо, наоборот, человек, который много и быстро работает, «мелет» без остановки. Прозвище могло закрепиться за мельником или за словоохотливым соседом. Второй вариант — от диалектного «молох» в значении «мелкая рыбешка, малёк», но это менее вероятно: прозвища по принципу «мелкий, незначительный» встречаются реже, чем по действию или занятию.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где «акающие» говоры превращали «молох» в естественное произношение слова «молох» (от «молот»?). Однако прямой связи с молотом нет: ударение в фамилии падает на второй слог (Молохин), а не на первый, что исключает происхождение от «молот». Встречается она нечасто — это не массовая «мельничная» фамилия вроде Мельникова, а локальное прозвание, которое закрепилось в одном-двух родах.

В документах XVII–XVIII веков можно было бы найти крестьянина или посадского человека по прозвищу Молоха — скорее всего, живого, разговорчивого или трудолюбивого. Дворянских родов с такой фамилией нет, как и известных исторических носителей. Фамилия осталась в крестьянской и мещанской среде, что типично для прозвищ, образованных от глаголов действия.