Фамилия Молюка — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно смотреть не только на окончание, но и на то, как фамилия могла возникнуть в разных языковых средах.

Самый вероятный путь — украинский или белорусский. В этих языках фамилии на -юк, -ук, -ак, -як очень распространены и обозначают «сын такого-то» или «потомок». Основа «Мол-» может восходить к личному имени Моль. Это не имя в современном понимании, а старая форма имени Емельян (от греческого «ласковый») или, реже, Моисей. В диалектах имя Емельян сокращали до Емеля, Меля, а затем и до Моль. Получается, что Молюка — это «маленький Моль» или «сын Моля». Суффикс -юк здесь работает как уменьшительно-патронимический, типичный для Волыни, Полесья и западных областей Украины.

Вторая версия, более прозаичная, отсылает к прозвищу. В русских говорах «моль» — это не только насекомое, но и переносное название для мелкого, суетливого, невзрачного человека. В украинском языке «міль» означает то же самое. Тогда Молюка — это человек, связанный с молью: либо тот, кто её разводил (в хозяйстве), либо, что вероятнее, получил такое прозвище за характер или внешность. Форма Молюка (с ударением на последний слог, как это часто бывает в украинских фамилиях) — это не просто «моль», а нечто производное: «тот, кто похож на моль» или «сын человека по прозвищу Моль».

Интересная деталь: фамилия могла возникнуть не только на восточнославянской почве. В польском языке есть слово «mol» (моль) и фамилии Моль, Молик, Молюк. Если предки носили фамилию Mól или Mol, то при переходе в русскую письменность она могла записаться как Молюка. Встречается она и у молдаван, где «мол» означает «маленький», но это скорее совпадение.

Географически фамилия сегодня встречается в основном на западе Украины (Львовская, Ровенская области), а также в Беларуси и среди потомков переселенцев в Сибири. В дореволюционных документах её не найти в списках дворянства — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где человека называли по отцу или по его личной примете.

Длинный ряд однокоренных фамилий — Моль, Молин, Мольков, Молюк, Моляк — подтверждает, что основа «мол-» была активной в народной ономастике. Фамилия Молюка стоит в этом ряду как одна из самых поздних по форме, с чётким западнорусским суффиксом.