Фамилия Моляка — редкий пример образования от глагольной основы с помощью суффикса -ак-/-як-. В русской ономастике такой способ обычно давал прозвища людям по характерному действию или поведению: Вертяка (от вертеться), Кричака, Гуляка. Моляка, скорее всего, восходит к глаголу «молоть» — в прямом смысле (мельник, работник на мельнице) или в переносном (болтун, пустомеля). Чередование корня (мол-/мел-) здесь не сбивает: в диалектах и просторечии формы вроде «моляка» или «меляка» фиксировались как прозвища говорливых людей.

Вторая версия, менее вероятная, выводит фамилию из украинского или белорусского «моляка» — так называли мотылька, бабочку. Прозвище могли дать суетливому, легкомысленному человеку. Однако слово это в восточнославянских говорах встречается редко и локально, а суффикс -як- в русских фамилиях чаще указывает на деятеля, чем на сходство с насекомым. Поэтому версия с «молоть» убедительнее.

Ударение в фамилии плавающее: можно встретить Моляка́ и Мо́ляка. Первый вариант логичнее для прозвища от глагола — ударение на последний слог типично для таких образований (Гуляка́, Вертяка́). Второй вариант, возможно, возник под влиянием фамилий на -яка с ударением на корень (Собя́ка, Серя́ка).

Фамилия встречается в основном на юге России и в Восточной Украине — в зоне смешения русских и украинских говоров. Это согласуется с обеими версиями: и мельничное дело, и диалектное «моляка» (мотылёк) были распространены именно там. Сословно предки Моляки, вероятно, относились к крестьянам или ремесленникам — фамилия не имеет дворянских суффиксов (-ский, -цкий) и не встречается в старых родословных книгах.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Моляка стоит особняком. Молчанинов, Молотков, Мельников — все они образованы от существительных или имён. Моляка же — единственная в этой группе, построенная напрямую от глагольного корня через суффикс деятеля. Это делает её ценной для ономастики: она сохранила живую словообразовательную модель, которая в фамилиях почти исчезла.