Фамилия Морквенко — одна из тех, где угадывается корень, но сразу неясно, что он значил для первого носителя. В основе лежит слово «морква» — так в украинском и некоторых южнорусских говорах называют морковь. Суффикс -енко указывает на украинское происхождение и патронимическую модель: Морквенко — буквально «сын Морквы» или «потомок того, кого прозвали Морквой». Фамилия распространена преимущественно на территории современной Украины, особенно в центральных и левобережных областях, откуда в XVIII–XIX веках активно мигрировали на Кубань и в южные губернии России.

Прозвище Морква могло закрепиться за человеком по нескольким причинам. Самая прямая — род занятий: огородник, торговец овощами или крестьянин, чей участок славился урожаем моркови. В среде запорожских казаков и мещан прозвища от названий растений давали без иронии — скорее по внешней примете или хозяйственной черте. Менее вероятная, но возможная версия — иносказательное прозвище за рыжеватый цвет волос, хотя для рыжины в украинской традиции чаще использовали «Рудий», «Рыжий» или «Гарбуз» (тыква).

Модель на -енко — самая массовая украинская фамильная форма, обозначавшая в XVI–XVII веках молодого человека или сына. Морквенко стоит в одном ряду с Буряченко, Капустенко, Цибуленко — фамилиями от названий овощей. Интересно, что в русских переписях эта фамилия почти не встречается до конца XIX века: она оставалась локальной, пока миграции в степные губернии не разнесли её шире. Встречаются варианты написания — Морквянко, Морквенков (обрусевшая форма с русским суффиксом -ов), но исходная «Морквенко» сохраняет украинскую огласовку.

Сословно носители фамилии относились в основном к казачеству и крестьянству. Дворянских родов Морквенко не зафиксировано — это фамилия простых людей, чьё прозвище закрепилось за потомками без изменений. Сегодня Морквенко встречается в Украине, в Краснодарском крае, Ростовской области и среди диаспоры в Казахстане.