Фамилия Мороченко образована по распространённой в восточной и центральной Украине модели с суффиксом -енко, который изначально означал «сын» или «потомок». В основе лежит прозвище или личное имя Морока. В украинском и южнорусском говорах «морока» — это нечто хлопотное, тягостное, путаное, а также человек, от которого много забот и неразберихи. Прозвище Морока могли дать медлительному, неповоротливому человеку, с которым «одна морока», или, наоборот, тому, кто сам постоянно создаёт хлопоты и путаницу. Реже основой могло послужить неканоническое имя-оберег: чтобы уберечь ребёнка от злых сил, родители намеренно давали ему «плохое» имя, вроде Морока, веря, что оно отведёт от него настоящие беды.

Слово «морока» имеет древние корни и родственно глаголу «морочить» — обманывать, вводить в заблуждение, а также «морок» — тьма, сумрак. В славянской мифологии Морок — это дух обмана и заблуждения. Таким образом, фамилия Мороченко несёт в себе оттенок неопределённости и двусмысленности: она могла указывать на конкретное свойство характера, на ситуативное прозвище или на древнюю магическую практику.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются на севере и северо-востоке, фамилии на -енко прочно ассоциируются с территорией современной Украины, особенно с её левобережной частью и бывшими землями Запорожской Сечи. Мороченко — относительно редкая фамилия, не входящая в число массовых. Её носители встречаются в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, а также среди потомков украинских переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить происхождение. Мороченко — это «сын Мороки». Фамилия Мороченков — её русифицированный вариант, распространённый в пограничных с Россией районах. А вот Мороков или Морочкин — это уже фамилии, образованные через суффиксы -ов и -ин, характерные для северной традиции, где прозвище Морока осмысливалось как «Морока — сын такого-то» или просто «принадлежащий Мороке». Мороченко же чётко указывает на прямую родственную связь: «чей сын?» — Мороченко.