Фамилия Морщихин — редкий случай, когда за основу взято слово, которое сегодня почти вышло из обихода. В её центре — «морщи́ка», то есть морщина, складка на коже. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Морщихин буквально значит «сын Морщики» или «человек из рода Морщики». Так в старину могли прозвать пожилого, сморщенного человека, либо того, кто постоянно хмурился и морщил лицо. В говорах слово «морщика» бытовало параллельно с «морщиной», и фамилия закрепила именно эту, более архаичную форму.

Интересна и словообразовательная модель. В русских фамилиях на -ихин, -ыхин (сравните: Грязных, Скорых) основа обычно стоит в родительном падеже множественного числа. Но Морщихин — не совсем то же самое. Здесь суффикс -ин присоединён к основе «Морщих-», которая восходит к прозвищу Морщика через чередование к/ч. То есть это не фамилия «от чьего-то отца», а скорее «от прозвища самого человека», что встречается реже, чем патронимы на -ов/-ев.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской, Ярославской губерниям. Именно там в XIX веке фиксировались крестьяне и мещане с этой фамилией. В списках однодворцев и казачества Морщихины почти не встречаются: это скорее фамилия земледельческого населения, где прозвища давали по внешним приметам.

В ономастических словарях фамилию обычно связывают с глаголом «морщить» и существительным «морщина». Б. Унбегау в «Русских фамилиях» не выделяет её отдельно, но относит к типичным прозвищным образованиям от прилагательных и существительных, описывающих внешность. Альтернативная версия — от слова «морщ» (вид рыбы) или «морща» (сморщенный гриб) — маловероятна: таких значений в диалектах не зафиксировано.

Родственные фамилии — Морщин, Морщаков, Морщиков — образованы от той же основы, но с другими суффиксами. Морщихин стоит особняком из-за редкого сочетания -их- в основе: это указывает на то, что прозвище звучало как Морщика, а не Морщ или Морща.