Фамилия Морщинины образована по типичной для русских фамилий модели: от личного прозвища Морщина с помощью притяжательного суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Морщинин буквально значит «сын Морщины», «тот, кто из рода Морщины». Это один из самых древних типов русских фамилий, который закрепился в основном в северных и центральных землях, где прозвища были в ходу дольше, чем в дворянской среде.

Прямое значение слова «морщина» — «складка, сборка, сгиб ткани или кожи». Но прозвище вряд ли давали просто за морщинистое лицо — слишком уж нейтральная примета. Куда убедительнее выглядит профессиональная версия. В старых говорах «морщить» значило «собирать ткань в складки, делать сборки». Этим занимались портные и скорняки, но особенно — мастера, шившие головные уборы. Шапки и колпаки часто кроили так, чтобы ткань ложилась мягкими складками, отсюда и «морщина» — складка на готовом изделии. Мастера, который умел ладно «морщить» материал, так и звали — Морщина. Прозвище переходило на детей и внуков, а после отмены местничества и в эпоху, когда фамилии стали обязательными, закрепилось как фамилия Морщинины.

Встречается и более простое объяснение: прозвище могли дать человеку с выразительными складками на лбу, но такое прозвище было бы скорее насмешливым, а фамилии от насмешек тоже возникали сплошь и рядом. Так что обе версии имеют право на жизнь, но ремесленная выглядит весомее: она объясняет, почему прозвище закрепилось и не исчезло после первого поколения.

Фамилия редкая, в списках известных дворянских родов не значится, что типично для прозвищных фамилий крестьянского и посадского происхождения. Носители её жили в основном в Поволжье и на Русском Севере — там, где слова «морщить», «морщина» в значении «сборка ткани» употреблялись особенно широко. Однокоренные фамилии Морщин, Морщинский встречаются реже и могли возникнуть независимо в разных местностях.