Фамилия Морюхова — женская форма, мужской вариант — Морюхов. В основе, скорее всего, лежит не слово «море», а древнерусское нецерковное имя или прозвище Морюх. Суффикс -юх- в русской антропонимии редкий и выразительный: он указывает на принадлежность к чему-то или склонность, примерно как в словах «пастух» или «глупюх» (глуповатый). Морюхом могли назвать человека, который имел отношение к морю — например, жил у моря, промышлял морским промыслом или даже просто часто упоминал море в разговоре. Но не менее вероятно, что прозвище шло от диалектного глагола «морить» (губить, изнурять) или от «мор» (болезнь, голод). Тогда Морюх — это тот, кто «морит», то есть изнуряет работой или доводит до изнеможения. В некоторых говорах «морюха» означала болотистую, гиблую местность, так что прозвище могло привязаться к жителю сырого, низменного края.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, особенно к бывшим Новгородским и Вологодским землям, где суффикс -юх- встречается чаще, чем на юге. Встречаются варианты написания Морюхов/Морюхова, но без буквы «ё» — это норма, так как ударение, скорее всего, падает на второй слог: Морю́хов. Сравните с однокоренными, но более частыми фамилиями Морозов (от прозвища Мороз) и Мордвинов (от этнонима). Морюхов стоит особняком: его основа компактна, а суффикс сразу выдает нестандартное, скорее всего, прозвищное происхождение. Социальный состав носителей в прошлом — в основном крестьяне и посадские люди, фамилия не дворянская и не книжная. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян Морюховых в писцовых книгах Белозерья и Каргополья, но массовых списков нет — фамилия оставалась редкой, локальной. Сегодня она встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что говорит о постепенном расселении рода из одного северного очага.