Фамилия Мосеенков — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается неочевидная основа. Если сразу сказать главное: фамилия образована от имени Моисей, но не напрямую, а через его просторечную, народную форму Мосей. Именно этот разговорный вариант имени, без библейской торжественности, и дал жизнь целому кусту фамилий.

Разберём словообразовательную цепочку. Исходное имя Мосей (усечённая форма от Моисей) обрастает сначала уменьшительным суффиксом -енк-: Мосеенко. Такая модель характерна для украинской, белорусской и южнорусской традиции — она означала «маленький Мосей» или, чаще, «сын Мосея». Затем, при адаптации в великорусской среде, фамилия получила типичный русский суффикс принадлежности -ов: Мосеенков. Получается двойная «паспортизация»: сначала «сын Мосея» (Мосеенко), а потом «чей?» — Мосеенковых (Мосеенков). Это редкий случай, когда фамилия сохранила следы миграции носителей: предки, скорее всего, пришли в центральную Россию с украинских или южнорусских земель.

Имя Моисей (древнееврейское «взятый из воды») в крестьянской среде было нередким, хотя и уступало по популярности Иванам и Петрам. В быту его сокращали до Мосей, а то и до Моська — отсюда и фамилия Мосягин, и менее очевидные варианты. Поэтому Мосеенков в одном ряду с Мосеевым, Мосейкиным и Мосенковым. Разница лишь в суффиксе: Мосеев — прямое отчество от полной формы, а Мосеенков — от уменьшительной с дополнительным суффиксом.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались русские и украинские говоры: Курская, Орловская, Воронежская области, а также юг Смоленщины. В списках однодворцев и государственных крестьян XVII–XVIII веков такие фамилии встречаются, но без массовой статистики. Сословно — однозначно не дворянская: суффикс -енко в основе выдаёт простонародное происхождение, скорее всего, крестьянское или мещанское.

В написании фамилии возможна путаница: на слух Мосеенков и Мосенков (от Мосеня) звучат почти одинаково, но в документах их строго различали. Если предки писались через двойное «е» — это как раз тот случай, когда фамилия сохранила украинский суффикс в русской огласовке.