Фамилия Мошакова в своей основе имеет мужскую форму Мошаков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Мошак. Ключевой элемент здесь — суффикс -ак, который в русской ономастике часто указывает на принадлежность к определённому типу людей: либо по характерному действию, либо по внешнему признаку, либо по месту. В данном случае корень «мош» отсылает к слову «мошка» — мелкое насекомое. Прозвище Мошак могли дать человеку маленького роста, суетливому или же тому, кто жил в болотистой, «мошкарной» местности. В говорах у слова «мошка» было и переносное значение — так называли назойливого, приставучего человека. Таким образом, фамилия рисует портрет предка через меткое народное сравнение.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: прозвище на -ак (Мошак) плюс притяжательный суффикс -ов, означающий «чей?» — то есть сын Мошака. Со временем фамилия закрепилась и перешла в женскую форму Мошакова. В отличие от фамилий на -ин или -ский, этот тип встречается реже и чаще связан с северными и центральными регионами России, где были распространены прозвища с уменьшительно-уничижительными или характеризующими суффиксами.

Интересно, что у фамилии есть параллели с однокоренными Мошкин, Мошков, Мошаров. Но Мошаков выделяется именно суффиксом -ак, который в некоторых диалектах придавал прозвищу оттенок пренебрежения или, наоборот, шутливой ласки. Встречается также версия, что основа могла быть связана не с насекомым, а с диалектным словом «моша» — так в псковских и тверских говорах называли мешок или кошель. Тогда Мошак — это прозвище торговца, менялы или просто запасливого человека. Эта версия менее распространена, но имеет право на существование, особенно если учесть, что в древнерусском языке «мошна» означала кошелёк.

Географически фамилия Мошаков (и Мошакова) наиболее часто фиксировалась в документах по Пермской, Вятской и Костромской губерниям. Это подтверждает связь с северорусским ареалом, где суффикс -ак в прозвищах был особенно продуктивен. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и посадскими людьми — точных данных о дворянском происхождении этой фамилии нет. В современных справочниках фамилия не относится к числу распространённых, что делает её носителей обладателями редкого и выразительного родового имени.