Фамилия Москофиди — редкий для России случай, когда греческое происхождение не вызывает споров. Её основа — «Москофис» (Μόσχοφις) или, точнее, корень «Моско-» (Μόσχο-), восходящий к греческому слову «μόσχος» (мосхос) — «телёнок», «молодой бычок», а в переносном смысле — «молодой побег», «отпрыск». Вторая часть, «-φις» (-фис), в греческих фамилиях может быть вариантом окончания, указывающего на принадлежность или происхождение. Таким образом, исходное прозвище Москофис могло означать «телёнок» — вероятно, ласковое или насмешливое прозвище для молодого, неопытного человека, либо, что правдоподобнее, давалось по роду занятий: скотоводу, пастуху, торговцу скотом.

Суффикс «-иди» — типичный греческий патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок». По модели образования Москофиди — это «сын Москофиса». Такая модель (основа + -иди, -ади, -уди) широко распространена среди понтийских греков и греков Малой Азии, которые после обмена населением 1923 года и в ходе эмиграции XIX–XX веков осели в России, на Украине, в Грузии. В русском языке фамилия сохранила своё окончание без адаптации под славянские суффиксы, что сразу указывает на её нерусское, греческое происхождение.

Встречается Москофиди в основном в регионах традиционного проживания греческой диаспоры: Краснодарский край, Ростовская область, Крым, Донецкая область. В дореволюционных документах фамилия могла писаться через «и» на конце — Москофиди, изредка встречался вариант Москофид (с усечением). Спорных версий, связывающих её с Москвой или москвичами, не возникает: это случайное созвучие, не подкреплённое ни словообразованием, ни историей бытования.

Сословно носители фамилии в Российской империи относились к мещанам, купцам, реже к крестьянам — характерный для греческих переселенцев социальный срез. Многие занимались торговлей, табаководством, ремёслами. Таким образом, Москофиди — не просто фамилия, а маркер греческой идентичности, сохранивший в своей структуре и прозвище предка, и способ назвать его потомков.