Фамилия Московаткина — редкая, и её разбор напоминает матрёшку: за каждым суффиксом скрывается предыдущая ступень словообразования. Конечный суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Московаткина, то есть дочь или жена Московаткина. Основа мужской фамилии — Московаткин, а она, в свою очередь, образована от прозвища или неканонического имени Московатка.

Что такое «Московатка»? Скорее всего, это уменьшительно-ласкательная форма (с суффиксом -к(а)) от «Москва» или от слова «москва» в переносном смысле. В русских говорах «москвой» могли называть не только столицу, но и человека, пришедшего из Москвы, либо того, кто подражал московской манере говорить или одеваться. В таком случае Московатка — это «маленький москвич» или «тот, кого иронично прозвали москвичом». Похожая модель — фамилии Москвин, Москвитин, Москвичёв, но Московаткин отличается редким уменьшительным суффиксом, что делает её почти «домашней», прозвищной.

Версия о происхождении от ремесла или топонима менее вероятна. Существует река Москва, но образование фамилии от гидронима с суффиксом -оватк- нехарактерно для русской ономастики. Также маловероятна связь с «московатый» — такого прилагательного в литературном языке нет.

Географически фамилия Московаткин (и её женская форма) встречается в основном в центральной России, но не образует плотных гнёзд — скорее, единичные записи. Это говорит о том, что фамилия не принадлежала многочисленному роду, а возникла от прозвища одного человека, вероятно, в XVI–XVII веках, когда активно формировались фамилии крестьян и посадских людей.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» прямая статья про Московаткина отсутствует, но модель с суффиксом -оватк- он относит к «уменьшительным прозвищным образованиям» — то есть к тем, что несли оттенок субъективной оценки: ласки, иронии или пренебрежения. Так что предок носительницы этой фамилии, скорее всего, был человеком с характерной чертой — либо пришлым из Москвы, либо тем, кого в деревне дразнили «москвой» за столичные замашки, но без злобы, а с усмешкой.