Скорее всего, предок человека с фамилией Московенко происходил из Москвы или Московского княжества, а затем переселился на украинские земли. На это прямо указывает суффикс -енко, который в восточнославянской ономастике традиционно использовался для обозначения потомка, сына или выходца с определенной территории. То есть Московенко — это буквально «сын московита» или «человек из Москвы».

Однако не стоит думать, что все носители фамилии имеют столичные корни. Гидронимия (названия рек и ручьев) в славянском мире богата соответствиями основе «моск-». В Польше и Германии протекают реки Mozgawa и Moskawa, на Украине есть ручей Московець, а в селе Березины — река Московица (Московка). Поэтому в некоторых случаях фамилия могла закрепиться за человеком, жившим на берегу одной из таких рек, а не за выходцем из первопрестольной.

Существует и третья, менее вероятная версия. В основе фамилии может лежать название небольшого села Московец в Болгарии, которое находится в Пловдивской области и входит в общину Карлово. Однако массовых миграций из этого региона на украинские земли, где фамилия получила распространение, не фиксируется, поэтому эта гипотеза выглядит экзотичной и уступает двум первым по правдоподобию.

Сама фамилия сформировалась по типичной для украинской традиции модели. Патронимический суффикс -енко присоединялся к прозвищу или топонимическому имени отца. На раннем этапе это звучало как «Московенко» — сын Московца, то есть человека, прозванного Московцем за связь с Москвой или одноименной рекой.

Интересно, что эта фамилия — яркий пример того, как географическое прозвище превращалось в родовое имя. В отличие от фамилий, образованных от личных имен или профессий, она несет в себе память о перемещении семьи или о месте, где жил основатель рода. Сословной принадлежности эта фамилия не отражает: ее могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане, поскольку прозвища по месту происхождения были универсальны для всех слоев населения.