Фамилия Москыитины — редкий случай, когда написание само подсказывает путь к разгадке. В ней отчётливо слышится искажённое «Москвитины», то есть «москвичи». Но почему «ы» вместо привычного «и» и откуда взялось двойное «и» в середине? Скорее всего, перед нами не опечатка, а диалектное или историческое произношение, закреплённое в документах. В северных и северо-западных говорах, особенно в старых писцовых книгах, звук [и] после твёрдых согласных часто передавали через «ы»: «Москва» превращалась в «Москыва», а житель — в «москыитина». Так что основа фамилии — прозвище «Москыитин» (или «Москвитин»), которое давали выходцу из Москвы или её окрестностей.

Модель образования проста и типична для русского севера: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Москыитина). Фамилия стоит во множественном числе, что характерно для семейных прозвищ, которые закрепились за целым родом. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались в центральной России, форма на -ин более архаична и распространена в Поморье, на Урале и в Сибири, куда переселенцы приносили свои прозвища.

Интересно, что фамилия Москыитины вряд ли связана напрямую с городом Москвой как столицей. В XV–XVII веках «москвитином» могли назвать любого человека, пришедшего с московских земель, даже из небольшого села. Прозвище не несло оттенка знатности или столичного лоска — скорее, указывало на чужого, пришлого человека в местной общине. В переписных книгах XVII века такие «москвитины» нередко записаны среди посадских людей и крестьян.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла образоваться от имени или прозвища Москва, а суффикс -итин превращал его в отчество («сын Москвы»). Но это спорно — обычно прозвищные имена по городам давали именно пришлым, а не по имени собственному. В любом случае, корень один: географическая привязка к Москве, а редкое написание с «ы» — ценная зацепка для генеалога, указывающая на возможный регион проживания предков (вероятно, Русский Север или Вятка).