Фамилия Мотненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в украинской ономастике означает «сын» или «потомок», то есть Мотненко — это буквально «сын Мотны». В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Мотна, которое могло возникнуть от глагола «мотать». В диалектах и народной речи «мотней» называли непоседливого, суетливого человека, того, кто «мотается» без дела, либо, наоборот, — человека, который мотает, наматывает что-то (например, нитки). Есть и другая, менее вероятная версия: связь с украинским словом «мотня» — часть штанов, но в качестве прозвища такое значение встречается редко и скорее носило бы шутливый или уничижительный оттенок.

Географически фамилия Мотненко тяготеет к центральным и восточным регионам Украины, где суффикс -енко является доминирующим в фамилиях. В России она встречается реже и часто является результатом миграции украинского населения в XVIII–XIX веках, особенно в ходе заселения Слобожанщины и Кубани. В русском написании фамилия закрепилась через суффикс -енко, хотя в украинской транскрипции возможны варианты с мягким знаком (Мотненько), но они не типичны.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мотнев, Мотнов, Мотыгин — показывает, что основа «мот-» была распространена в разных славянских регионах. Мотненко, в отличие от них, прямо указывает на украинское происхождение и патронимический характер: предок носителя фамилии, скорее всего, был известен в своей общине под прозвищем Мотна, и его дети стали писаться как Мотненки. Сословная принадлежность первых носителей не фиксируется, но по модели образования это могли быть крестьяне или казаки — именно в этих средах украинские фамилии на -енко получили массовое распространение в XVII–XVIII веках.