Фамилия Мойко — одна из тех, где простое и короткое звучание скрывает неочевидное происхождение. В ней нет типичного для русских фамилий суффикса -ов или -ин, что сразу указывает: перед нами не великорусская, а скорее западнорусская или украинская модель. Окончание -о характерно для фамилий, образованных в южных и западных регионах бывшей Речи Посполитой — на территории современной Украины, Беларуси, а также в пограничных с ними областях России.

Основа фамилии — прозвище или имя Мойко. Самый прямой путь — от формы крестильного имени Моисей. В народной речи это имя часто сокращали, и Мойко — одна из таких уменьшительно-ласкательных версий, наряду с Мося, Мосей, Мойша. Если предка звали Моисеем, то в быту он мог быть Мойком, а его дети и внуки уже получали фамилию по отцу: чей? — Мойко. Такая модель (прозвище без дополнительного суффикса) широко распространена именно в украинской ономастике.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но тоже имеющая право на существование. В некоторых говорах «мойка» — это не только процесс мытья, но и название небольшого ручья, протоки, а в польском языке «mój» означает «мой». Мойко могло быть прозвищем человека, который владел чем-то, постоянно повторял «моё», или жил у ручья. Однако эти объяснения уступают версии с именем Моисей, так как антропонимическая модель «от имени» — самая распространённая для фамилий подобного типа.

География фамилии подтверждает её западнорусские корни. Мойко встречается преимущественно в Беларуси (особенно в Гродненской и Брестской областях), на западе Украины и среди потомков переселенцев из этих регионов в Сибири. В центральной России она редка. Социальный состав носителей был пёстрым: среди предков могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки — фамилия не указывает на принадлежность к какому-то одному сословию.

В написании фамилии есть особенность: ударение обычно падает на первый слог — Мо́йко, хотя в некоторых говорах возможно и на последний. Путать с похожей фамилией Майко не стоит — у той совсем другая этимология, связанная с маем или именем Май. Мойко же — это фамилия, которая сохранила в себе народную форму библейского имени, и её носители могут с большой долей уверенности считать своим предком человека по имени Моисей.