Фамилия Молойко — редкий пример того, как прозвище, а не крестильное имя, легло в основу родового именования. В её основе лежит древнерусское прозвище Молойко, которое восходит к прилагательному «молодой». Такая словообразовательная модель с суффиксом -ойк- характерна для украинских и южнорусских говоров, где она придавала именованию ласкательный или уменьшительный оттенок. Параллельные формы Молойча и Молойка указывают на то, что прозвище бытовало в живой разговорной среде, а не в книжной традиции.

Смысл прозвища не сводился к одному лишь возрасту. Молодым нарекали удалого, храброго и бодрого парня, который не пасовал перед трудностями. В разных говорах это слово обрастало дополнительными значениями: ловкий, статный, сметливый — такой человек легко справлялся с любой работой и пользовался уважением. В некоторых местностях «молодым» иронично называли сельского волокиту, а в южных говорах — нестарого холостяка, который не спешил обзаводиться семьёй.

Отдельного внимания заслуживает версия о роде занятий предка. В ряде регионов «молодым» называли прислужника, помощника или полового в трактире. Если прозвище закрепилось за человеком именно по этой причине, оно указывало не на внешность или характер, а на его социальное положение и работу. Такая трактовка не менее правдоподобна, чем возрастная, поскольку прозвища по профессии и месту в иерархии встречались повсеместно.

Со временем прозвище Молойко, изначально присоединённое к наследственному имени для уточнения, полностью вытеснило его из обихода. Оно перешло и в официальные документы, закрепившись как фамилия. Это типичный путь для многих русских и украинских фамилий: прозвище отца или деда становилось родовым именем для потомков, и уже следующее поколение носило его как фамилию. В случае с Молойко форма сохранилась в исходном виде, без патронимического суффикса -ов или -ин, что делает фамилию более древней по типу и близкой к прозвищной традиции.