Фамилия Мозгушин — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от множества фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта явно восходит к прозвищу или мирскому имени. Основа здесь — «мозг» или «мозга», и ключ к разгадке — в суффиксе «-ушин».

Модель образования «-ушин» (реже «-ухин») типична для русских фамилий, возникших от основ на заднеязычный согласный (г, к, х). Если бы прозвище звучало как Мозг, то фамилия, по правилам, была бы Мозгов. Но наличие «-ушин» указывает на то, что исходная форма была уменьшительной или пренебрежительной — Мозгуша. Так в быту могли называть человека, у которого было что-то не так с головой: либо чрезмерно умного, «мозговитого», либо, наоборот, простоватого, тугодума. Вторая версия — прозвище могли дать по внешнему сходству: например, человеку с крупной, выпуклой головой или с необычной формой черепа.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается в старых переписях Вологодской, Костромской, Нижегородской губерний. Это регионы, где были распространены «усечённые» прозвищные формы на «-уша». Интересно, что в тех же местах бытуют однокоренные фамилии Мозгунов, Мозжилкин, Мозгалев — все они, скорее всего, восходят к одному корню, но с разными суффиксами и оттенками значения.

Спорная, но не лишённая оснований версия связывает фамилию не с русским «мозг», а с диалектным глаголом «мозгушить» — в некоторых говорах это означало «ворчать», «брюзжать», «назойливо твердить одно и то же». Если так, то Мозгуша — это не «умник» или «тупица», а просто зануда. В любом случае, фамилия относится к древнему пласту прозвищ, которые давали по характерной черте поведения или внешности, и её носитель, скорее всего, был человеком с яркой, запоминающейся особенностью, которую и закрепили в родовом имени.