Основой фамилии Мтюшков послужило мирское имя Матюша. Фамилия Мтюшков, скорее всего, восходит к имени Матюша, уменьшительной форме крестильного мужского имени Матвей. Оно имеет древнееврейское происхождение и переводится на русский язык как «человек Божий». Вероятно, в процессе образования фамилии произошло впадение гласного А. Менее вероятной представляется гипотеза, согласно которой в основе фамилии лежит прозвище Мтюша. Оно, в свою очередь, происходит от слова «мтаха», т.е. «птаха, птица». В этом случае Мтюшей могли ласково называть человека маленького роста или ребенка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Матюша, со временем получил фамилию Мтюшков.