Фамилия Мудунова — женская форма распространённой на Северном Кавказе фамилии Мудунов. В её основе лежит мужское имя или прозвище Мудун, которое, скорее всего, восходит к тюркскому или иранскому корню. Наиболее правдоподобная версия связывает его с тюркским словом «мудун» — «глупый», «бестолковый». В прошлом такие прозвища не обязательно несли оскорбительный смысл: на Кавказе и в тюркской среде имя с отрицательной характеристикой давали сознательно, чтобы «обмануть» злых духов и отвести от ребёнка сглаз. Считалось, что если назвать сына Глупым, он вырастет умным. Поэтому фамилия Мудуновых могла возникнуть в среде кумыков, ногайцев или балкарцев, где тюркские имена были обычны.

Словообразовательная модель проста: к основе «Мудун» добавлен русский патронимический суффикс «-ов», что характерно для фамилий, оформленных по русскому образцу в XIX–XX веках при записи в метрики и переписи. Такая фамилия могла появиться у горцев, принявших православие, или у народов Дагестана, где фамилии часто русифицировали. Встречается она и у осетин — в этом случае корень может быть иранским: в осетинском языке есть слово «муд» (мёд), но прямое «мудун» не зафиксировано, поэтому тюркская версия остаётся основной.

Географически фамилия Мудунова привязана к Северному Кавказу: чаще всего её носители живут в Дагестане, Кабардино-Балкарии, Северной Осетии. Встречается она и у ставропольских туркмен, что указывает на кочевую тюркскую основу. Редкий суффикс «-ун» в корне отличает эту фамилию от более привычных Мударовых или Мудиевых: он характерен для тюркских прозвищ, обозначающих качество (ср. караун — «чернявый», сарыун — «желтоватый»).

Итак, фамилия Мудунова — это русифицированная тюркская фамилия, образованная от охранительного прозвища, и её носители — потомки горцев или кочевников, живших на Северном Кавказе.