Фамилия Мудьюгины — редкий случай, когда географическая привязка оказывается сильнее, чем прозрачность корня. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или профессий, эта почти наверняка ведёт родословную с одного конкретного места — побережья Белого моря. Основа «мудьюг» отсылает к острову Мудьюг в Архангельской области, известному своей трагической историей (в годы Гражданской войны там располагался концлагерь). Но сама фамилия, скорее всего, старше этих событий и связана с поморским населением, которое испокон веков жило на острове или рядом с ним.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Мудьюгин — буквально «сын человека с Мудьюга» или «житель с Мудьюга». Фамилии, образованные от топонимов с помощью суффикса -ин, типичны для Русского Севера: ср. Каргополин (из Каргополя), Онегин (из Онеги). В данном случае исходное прозвище «Мудьюга» мог получить переселенец, который перебрался с острова в другое место, или же человек, чья семья была известна как «мудьюгские».

Корень «мудьюг» — прибалтийско-финского происхождения. В языках саамов и карелов схожие слова означают «мелкий, илистый залив» или «топкое место», что точно описывает ландшафт дельты Северной Двины, где расположен остров. Таким образом, фамилия Мудьюгины (встречается и вариант Мудьюгин) не просто указывает на место жительства предка, но и сохраняет в себе древний субстратный топоним, который русские поморы переняли у коренных народов.

Сословный состав носителей, скорее всего, был однородным: государственные крестьяне-поморы, занимавшиеся рыболовством и морским промыслом. Дворянских родов Мудьюгиных не зафиксировано. Из-за узкой локальной привязки фамилия до сих пор остаётся редкой за пределами Архангельской области и встречается в основном на Русском Севере и в Санкт-Петербурге, куда люди мигрировали в XX веке.