Фамилия Мукалька — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, не обрастая типовыми фамильными суффиксами. В ней нет окончаний -ов, -ин или -ский, которые обычно превращают прозвище в фамилию. Перед нами, скорее всего, украинская или белорусская модель фамилии, где исходное слово застыло в форме именительного падежа. Именно такая «голая» основа — верный признак того, что фамилия закрепилась в среде, где суффиксальная русификация была необязательна, то есть на юго-западе Российской империи или в Речи Посполитой.

Корень здесь — «мукаль» или «мукало». Самая прямая версия отсылает к глаголу «мукать» — мычать, издавать нечленораздельные звуки. В диалектах «мукала» — человек, который говорит невнятно, бормочет, либо тот, кто тянет слова, мычит в ответ. Прозвище могли дать неразговорчивому, медлительному или, наоборот, грубоватому в речи человеку. Вторая, менее очевидная, но возможная версия — связь со словом «мука» (в значении «мучение»). В некоторых говорах «мукаль» означало мученика, страдальца или того, кто сам «мукает» других — донимает, надоедает.

Суффикс -к- в конце фамилии — не фамильный, а уменьшительно-пренебрежительный, характерный для украинских и белорусских прозвищ. Он придаёт фамилии оттенок «сын Мукаля» или просто «маленький Мукаль», то есть человек, унаследовавший прозвище отца или деда. По той же модели образованы фамилии Ковалька, Швецька, Бондарка — все они распространены на западе Украины и в Беларуси.

Географически фамилия Мукалька тяготеет к западноукраинским областям, особенно к Львовской и Тернопольской, а также встречается в южных районах Беларуси. В центральной России она практически не фиксируется. Сословно носители, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам — прозвищные фамилии без дворянских суффиксов редко встречаются у знати. Письменных свидетельств о Мукальках в дореволюционных ревизских сказках мало, что подтверждает локальный и незнатный характер фамилии.

Интересно, что фамилия Мукалька могла возникнуть и как прозвище по роду занятий, связанному с мукой, но это маловероятно: для мельника или торговца мукой использовали бы слово «Мучник» или «Мукач». Звуковая близость к «мукать» и характерное украинское окончание -ка указывают именно на прозвище по поведению.