Фамилия Мукалин — редкий случай, когда за привычным русским окончанием скрывается нерусская, тюркская основа. Типичный для русских фамилий суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Мукалин, то есть сын или потомок Мукала), но сам корень «Мукал» в славянских языках не встречается. Это прямой намёк на то, что предок носителя фамилии был тюрком, принявшим православие, или же фамилия возникла на территориях с сильным татарским, башкирским или казахским влиянием.

Скорее всего, в основе лежит тюркское имя или прозвище Мукал. В тюркских языках слово «мукал» (или «мүкал») может означать «упрямый», «настойчивый», «неподатливый» — качество, которое могли дать человеку с твёрдым характером. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «мукал» — это человек, который «застрял» или «задержался», то есть медлительный или постоянный. Обе трактовки укладываются в логику прозвищ, которые на Руси и в Орде давали по заметной черте поведения.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Южному Уралу. Встречается она у русских, но часто — у крещёных татар и башкир, у которых фамилии на -ин образовывались по той же модели, что и у русских, только от своих имён. В Оренбургской, Челябинской областях и Татарстане следы Мукалиных прослеживаются с XIX века, в метрических книгах и ревизских сказках.

В отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от полных имён (Иван — Иванов), суффикс -ин в данном случае подчёркивает личное, почти семейное прозвище. Это значит, что первый Мукалин, скорее всего, не был дворянином или служилым человеком, а происходил из крестьян или казаков, где прозвища держались крепко и передавались по наследству.

Сравните с однокоренными фамилиями: Муканов, Мукаев, Мукашев — все они от тюркских корней, но с разными суффиксами. Мукалин выделяется именно русским оформлением, что делает её ярким примером культурного и языкового смешения на границе степей и лесов.