Фамилия Мухартов — редкий случай, когда корень слова почти наверняка указывает на конкретное занятие предка. Основа здесь — «мухарт», а точнее, диалектное слово «мухарт» или «мухорт». В русских говорах «мухортым» называли невзрачного, низкорослого или худощавого мужчину, а также — и это ключевая версия — коня малорослой и слабой породы. Значение презрительное: «замухрышка», «неказистый». Скорее всего, прозвище Мухарт дали человеку за внешность или слабое здоровье, а фамилию образовали по стандартной модели: прозвище + патронимический суффикс -ов («чей?» — сын Мухарта).

Суффикс -ов указывает на русское происхождение фамилии, скорее всего, из центральных или северных областей России, где такие прозвища были в ходу. В южнорусских и украинских землях чаще встречался бы вариант Мухарченко или Мухартовский. Написание с буквой «а» во втором слоге (Мухартов, а не Мухортов) может быть следствием аканья — произносили «мухорт», а записали на слух как «мухарт».

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «мухар» или «мухаррем» (священный месяц, первый месяц мусульманского календаря). Но она слабая: фамилия Мухартов не имеет типичных тюркских суффиксов (вроде -ов там и так был бы, но основа не прижилась бы в крестьянской среде). К тому же, «мухарт» в значении «невзрачный» встречается в словарях русских говоров, что делает первую версию основной.

Фамилия редкая. В дореволюционных списках и современных базах её носители встречаются точечно, в основном в Поволжье и центральной России. Сословно — почти наверняка крестьянская или мещанская: прозвище по внешности давали в среде, где ценилась физическая сила и стать. Мухартовы — потомки человека, которого за глаза называли неказистым, но прозвище закрепилось и пережило века.