Фамилия Мухей — редкий случай, когда корень слова и его оформление входят в противоречие. На слух она кажется украинской или белорусской из-за окончания -ей, которое в восточнославянских фамилиях обычно указывает на притяжательность (чей? — Мухин, Мухей). Но здесь работает другая логика: это не суффикс -ей, а часть основы. Фамилия образована от прозвища или имени Мухей, где -ей — уменьшительный или ласкательный суффикс, как в именах Матвей, Андрей, Тимофей. То есть Мухей — это «маленькая муха» или человек, которого так прозвали за назойливость, суетливость, лёгкость или, наоборот, за неспособность сидеть на месте.

У прозвища Муха в русской ономастике широкий спектр значений. В псковских и новгородских говорах «мухой» называли не только насекомое, но и шустрого, пронырливого человека, а также бродягу. В некоторых диалектах «муха» означала мелкую монету или подачку — отсюда прозвище могли дать бедняку или скряге. Однако форма Мухей встречается реже, чем Муха или Мухин, и географически тяготеет к юго-западным регионам России и Украины. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели разбираются в контексте уменьшительных форм от прозвищ: если есть Муха, то Мухей — её ласкательный вариант, как Козёл и Козлей.

Есть и вторая, менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть из крестильного имени. В святцах есть имя Мухей (греч. Μωϋσῆς, Моисей) — в народном произношении оно давало формы Мосей, Мусей, а в некоторых говорах — Мухей. Если это так, то фамилия Мухей — не от насекомого, а от библейского Моисея, искажённого до неузнаваемости. Проверить это можно по архивным записям: если в метриках XVII–XVIII веков встречаются Мухеи, а не Мухи, то версия с именем весомее. Но пока без документальных подтверждений основной остаётся прозвищная гипотеза.

Сословной привязки у фамилии нет. Мухеи могли быть и крестьянами, и мещанами, и казаками — фамилия не указывает на принадлежность к дворянству или духовенству. В современных базах она встречается единично, чаще всего на юге России (Краснодарский край, Ростовская область) и в восточной Украине. Это типичная «прозвищная» фамилия, которая не обросла мифами и не имеет известных исторических носителей — но именно в этой неприметности и состоит её ценность: она сохранила прямую связь с живым народным словом, без книжных искажений и канцелярских переделок.