Фамилия Мухитдинходжиев — редкий пример трёхкорневого образования, которое почти не встречается в русском быту. Её основа — арабское имя Мухитдин (Мухиддин), что переводится как «оживляющий веру» или «возрождающий религию». Второй компонент — «ходжа» (персидское خواجه, «господин», «хозяин», «наставник»), почётный титул в исламском мире, который носили купцы, землевладельцы и духовные лица. Третий элемент — русский суффикс -ев, типичный для фамилий, образованных от отчеств или прозвищ.

Словообразовательная модель здесь необычна: к сложному восточному имени-титулу Мухитдинходжа (Мухитдин + ходжа) прибавили русский патронимический суффикс. Это указывает на то, что фамилия оформилась уже на территории Российской империи или СССР, когда представители среднеазиатских народов получали официальные фамилии по русскому образцу. Носитель такой фамилии — потомок человека, которого звали Мухитдинходжа, то есть «Мухитдин-господин» или «наставник Мухитдин».

Географически фамилия почти наверняка привязана к Узбекистану, Таджикистану или южным регионам Казахстана, где распространены имена с компонентом «ходжа». В русской среде она не бытует — это чисто среднеазиатская фамилия, адаптированная под русскую грамматику. В отличие от фамилий типа Мухитдинов, где суффикс -ов просто русифицирует имя, Мухитдинходжиев сохраняет двойную основу, что делает её более громоздкой, но и более точной в передаче социального статуса предка.

С точки зрения этимологии, спорных версий здесь нет: корни прозрачны, а суффикс однозначно указывает на «сына такого-то». Единственная тонкость — возможное чередование «ходжи»/«ходжа» в разных диалектах, но на смысл это не влияет. Если искать аналоги, то фамилия стоит в одном ряду с Абдуллаходжиевыми или Исматуллаходжиевыми — все они образованы по одному принципу: арабское имя + титул + русский суффикс.