Фамилия Мухитдинова — типичный пример фамилии, образованной от личного имени отца. Её основа — мужское имя Мухитдин, которое пришло в тюркскую среду вместе с исламом. Это один из диалектных вариантов арабского имени Мухутдин (Мухетдин), и в этом кроется главная особенность фамилии: её написание закрепило народное, «облегчённое» произношение, которое бытовало в конкретной местности.

Арабское имя состоит из двух корней. Первый — «мохет» — означает «возрождающий, укрепляющий», второй — «дин» — переводится как «вера, религия». В сумме имя Мухитдин осмысляется как «возрождающий, укрепляющий, защищающий религию». Такие имена с компонентом «дин» («религия») — Абдулдин, Сайфуддин, Нуртдин — были широко распространены у народов, принявших ислам, поскольку несли в себе благочестивый смысл и пожелание ребёнку твёрдости в вере.

Модель образования фамилии проста и прозрачна. К имени Мухитдин добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем родовое окончание -а, указывающее на женскую линию. Мужской вариант — Мухитдинов. Такая схема типична для фамилий, которые формировались у татар, башкир и других тюркских народов в XIX — начале XX века, когда началась массовая фиксация фамилий по русскому образцу.

Несмотря на кажущуюся ясность, есть нюанс. Имя Мухитдин — не единственная возможная основа. Теоретически фамилия могла закрепить и форму Мухатдин, где первый компонент восходит к «мухаммад» (в разговорном сокращении). Однако в данном случае более вероятным выглядит связь именно с «мохет» — «укрепляющий», поскольку имя Мухутдин зафиксировано в ономастических словарях как самостоятельное и широко бытовавшее. Версия с «мухаммад» — скорее народная этимология, которая не подтверждается устойчивой традицией имянаречения.

Процесс формирования фамилий у тюркских народов был длительным и неравномерным. Где-то фамилии закрепились уже в XVIII веке, а в отдалённых деревнях их могли записать только в советские годы при паспортизации. Поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Мухитдиновых можно лишь на основании генеалогических исследований, которые опираются на метрические книги, ревизские сказки и подворные переписи.

Примечательно, что фамилия сохранила в себе древний пласт имени, который сегодня уже не всегда понятен носителям. Человек по фамилии Мухитдинова носит память о предке, чьё имя было не просто личным обозначением, а целой программой — защитника веры. В этом смысле фамилия — готовый ответ на вопрос о религиозной и культурной традиции рода.