Фамилия Мухияев — редкий образец, в котором тюркская основа и русский суффикс скрестились не по самому ходовому пути. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, образованных от мужских имён или прозвищ, здесь мы видим суффикс -ев, присоединённый к основе, которая звучит как арабское имя Мухия (Мухийа). В тюркских языках, особенно у татар и башкир, имя Мухийа (иногда в форме Мухия) восходит к арабскому «мухйи» — «оживляющий», «дарующий жизнь». Это один из эпитетов Аллаха в исламской традиции, но в быту имя могло даваться ребёнку как благопожелание, чтобы он был здоровым и полным сил.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Обычно фамилии на -ев образуются от имён, оканчивающихся на мягкий согласный или -й (например, Андрей — Андреев). В случае Мухияев основа «Мухия» уже содержит конечное -я, которое в русской передаче ведёт себя как окончание. При присоединении суффикса -ев гласная «я» выпадает или переходит в «и»: от Мухия — Мухияев, а не Мухиин, как было бы при суффиксе -ин. Это указывает на то, что фамилия оформлялась в русской канцелярской среде, где имя записывали в «чистом» виде, а затем добавляли типовой патронимический суффикс.

Географически фамилия тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением — Татарстан, Башкортостан, а также Оренбургская и Челябинская области. Встречается она редко, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, предки носителя жили в одном селе или деревне, где имя Мухия было в ходу, и фамилия закрепилась за одной-двумя родственными ветвями. В метрических книгах XIX века такую фамилию можно найти у крещёных татар или у мусульман, чьи имена записывали русские писцы.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мухиев, Мухин, Мухаметов — показывает, что Мухияев стоит особняком. Если Мухиев мог возникнуть от имени Мухий (с твёрдым окончанием), а Мухин — от прозвища Муха, то Мухияев сохраняет более редкий арабский корень и удлинённую форму. Споров о происхождении практически нет: тюркско-мусульманский след очевиден, а русский суффикс — лишь дань бюрократии. Других версий, например связи с тюркским словом «мухи» (что-то вроде «угол»), не существует, и придумывать их не стоит.

Кем были предки? Скорее всего, крестьянами или мещанами из татарских или башкирских общин. Фамилия не указывает на знатное происхождение — в дворянских родах такие окончания встречаются реже. Зато она точно говорит о том, что родоначальника звали Мухия, и он, вероятно, был уважаемым человеком, раз имя, данное при рождении, перешло в фамилию без изменений.