Основой фамилии Мухохин послужило мирское имя Мухоха. Мирское имя Мухоха, предположительно, восходит к прилагательному «мухорый» со значением «слабый, хилый, малорослый». Скорее всего, имя Мухоха относится к охранительным именованиям. Так, нарекая младенца Мухохой, родные хотели, чтобы он вырос сильным, крепким и здоровым. Возможно также, что фамилия Мухохин образована от прозвища Мухоха, которое, скорее всего, берет начало от глагола «мухлачить», то есть «знахарить, ворожить», «хитрить». В таком случае, именование Мухоха указывает либо на род занятий, либо на особенности характера его обладателя. Так могли назвать лекаря или смекалистого, ловкого в делах человека. Не исключено также, что прозвище Мухоха этимологически связано с якутским нарицательным «мухок» - «мешок». Вероятно, именование Мухоха принадлежало тому, кто изготовлял мешки или использовал их в своей работе. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мухоха, со временем получил фамилию Мухохин.