Фамилия Мухотин — одна из тех, где корень ясен, а значение неочевидно. Основа здесь — «мухот», и сразу напрашивается связь с мухой. Но в русских говорах слово «мухота» имело конкретное значение: так называли назойливого, приставучего человека, того, кто «вьётся» и мешает. Прозвище Мухота могли дать докучливому собеседнику или непоседливому ребёнку. Модель образования проста: к основе на -а добавили суффикс -ин, что по-русски означает «чей?» — сын или потомок Мухоты.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с диалектным «мухота» в значении «темнота, мгла, пасмурная погода». В этом случае прозвище мог получить человек угрюмый, хмурый. Такая трактовка встречается реже, но не менее правдоподобна, особенно если фамилия бытует в северных или сибирских регионах, где слово «мухота» в этом смысле фиксировали этнографы.

Интересно, что фамилия Мухотин не входит в число самых распространённых, но имеет устойчивое ядро в центральных областях России — в Тверской, Ярославской, Костромской губерниях. Это говорит о том, что прозвище возникло именно в среде крестьянского или посадского населения, а не в дворянской среде, где фамилии чаще образовывались от полных церковных имён.

Примечательно и то, что в русской ономастике есть однокоренные фамилии — Мухин, Мухачёв, Мухортов. Но Мухотин стоит особняком: если Мухин прямо указывает на муху (или прозвище Муха), то суффикс -от- в основе «мухота» — редкий словообразовательный элемент, характерный для прозвищ с оттенком качества или действия (ср. «зевота», «ломота»). Это делает фамилию не просто «мушиной», а более сложной по внутренней форме.

Таким образом, предок современных Мухотиных, скорее всего, получил своё прозвище за манеру поведения — навязчивость или угрюмость, и эта черта закрепилась в фамилии уже несколько веков назад.