Фамилия Мухотьянов — из тех, что на первый взгляд кажутся тёмными, но при разборе дают чёткую картину. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Мухотьян. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Мухотьянов буквально значит «сын Мухотьяна».

Ключевой вопрос — что скрывается в корне «мухот-». Самое правдоподобное объяснение лежит в диалектной лексике. В русских говорах, особенно южных и юго-западных, слово «мухота» означало мелкую мошкару, гнус, а также переносно — суетливого, надоедливого или незначительного человека. Прозвище Мухотьян, скорее всего, образовано от «мухота» с уменьшительным или пренебрежительным суффиксом -ян (как в словах «гулян», «бродяга»). Человек мог получить такое прозвище за мелкое телосложение, беспокойный характер или назойливость.

Версия с тюркским происхождением выглядит слабее. Корень «мух» в тюркских языках (например, «муха» — печать, штамп) не даёт убедительной модели для фамилии с русским суффиксом -ов. Скорее всего, это народная этимология, не подтверждённая ономастическими данными. Также маловероятна связь с арабским именем Мухаммад — для этого потребовались бы совсем другие фонетические и словообразовательные переходы.

Географически фамилия редкая, её очаги встречаются в Поволжье и на Урале — регионах, где диалектная лексика была особенно живуча, а прозвища часто давались по бытовым наблюдениям. Среди носителей фамилии не зафиксировано выдающихся исторических деятелей, что типично для прозвищных фамилий «низового» происхождения: их носили крестьяне, ремесленники, мелкие служилые люди.

Таким образом, Мухотьянов — фамилия, образованная от прозвища, которое описывало человека через сравнение с мошкарой: невысокий, суетливый или просто «мелкий» в глазах окружающих. Никакой тайны или благородного корня здесь нет, зато есть живой портрет предка, составленный соседями.