Фамилия Мухорьянова — женская форма от Мухорьянов, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса, который сразу выдаёт её происхождение. Формант -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён на твёрдый согласный. Но здесь основа необычная: Мухорьян. В ней слышен тюркский или кавказский след, что для южнорусских и казачьих фамилий не редкость.

Основа «мухор» в русских говорах имеет несколько значений. В словаре Владимира Даля «мухор» — это малорослый, щуплый человек, а также плохая лошадёнка. Но суффикс -ьян (или -ян) в этой фамилии — скорее всего, тюркский или персидский компонент, который мог означать принадлежность или отношение. Встречается он в фамилиях донских и кубанских казаков, где смешались русские, ногайские, татарские и черкесские корни. Поэтому Мухорьянов могло быть прозвищем человека маленького роста или же того, кто держал плохую лошадь, но с восточным оттенком.

Другая, менее вероятная версия — от тюркского личного имени Мухор (сравните с татарским «мухур» — печать, знак). В таком случае фамилия означала бы «сын Мухора», то есть потомок человека, носившего это имя. Однако в русской ономастике чаще срабатывает прозвищная модель: сначала дали обидное или описательное прозвище «Мухорьян» (малорослый, тщедушный), а уже от него пошла фамилия.

В документах эта фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, предки Мухорьяновых жили на юге России — в Ростовской области, Краснодарском крае или в Поволжье, где тюркские заимствования в языке были обычны. Сословно это могли быть крестьяне или казаки: прозвища, связанные с внешностью или бедностью, редко доставались дворянам.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения и не «обрусела» до конца: ударение в ней, по аналогии с другими на -ьянов, падает на второй слог (Мухорья́нов), что сохраняет её первоначальный ритм. Встречаются варианты написания с одной «н» (Мухорянов), но это уже поздние искажения в метриках.