Фамилия Мухоровский — один из тех случаев, когда сходство с привычным словом может увести в сторону. На первый взгляд кажется, что в основе лежит «муха», но польский суффикс -овский (-owski) подсказывает другое направление: фамилия образована от географического названия, а не от прозвища. Искать корни стоит в топониме Мухорово или Мухора — такие деревни и урочища действительно встречались на территории бывшей Речи Посполитой, особенно в западных губерниях Российской империи (современные Беларусь, Польша, Украина). Владелец такого имения или выходец из него получал фамилию по названию места, что типично для польской и западнорусской шляхты.

Однако совсем отбрасывать прозвищную версию нельзя. В старых говорах «мухор» — это не только уменьшительное от «муха», но и прозвище невысокого, щуплого человека, а в некоторых диалектах — бродяги или оборванца. Если фамилия возникла не по месту жительства, а в среде крестьян или мещан центральной России, её могли дать предку с такой внешностью или характером. Суффикс -ский в таком случае — признак более позднего, «облагораживающего» оформления: в XIX веке крестьянам нередко приписывали фамилии на -ский при переписях, чтобы они звучали «благороднее».

Отдельного внимания заслуживает вариант написания с одной буквой «р» — Муховский. В документах XIX века легко могли перепутать «Мухоровский» и «Муховский», особенно если писарь не расслышал или сократил. Вторая фамилия тоже существует и восходит к той же основе — либо к реке Мухавец (отсюда Мухавецкий), либо к прозвищу «муха».

Сословный состав носителей фамилии был пёстрым: в метрических книгах XIX века Мухоровские встречаются среди православных мещан и крестьян Волынской, Гродненской и Минской губерний, а также среди католической шляхты (гербовые записи не обнаружены, но в списках дворянства западных губерний фамилия фигурирует). Это подтверждает двойственную природу: для одних предков — помещичье гнездо, для других — прозвище, записанное на польский манер.