Фамилия Мухомедшин образована от имени Мухомедша, производной формы мужского тюркского имени Мухаммет, которое в переводе с арабского означает «восхваляемый, прославляемый». Таким образом, потомок человека, которого звали Мухомедша, со временем получил фамилию Мухомедшин.