Фамилия Мухтарнеко — редкий случай, когда написание подсказывает географию точнее, чем корень. Суффикс -еко (вместо привычного -енко) почти наверняка указывает на западные регионы бывшей Речи Посполитой: современную Беларусь, западную Украину или юго-восточную Польшу. В этих местах после падения носовых гласных в древнерусском языке фамилии на -енко иногда записывали как -еко, особенно в документах польской канцелярии. Так что перед нами не украинская, а скорее белорусская или западноукраинская форма.

Основа фамилии — арабское имя Мухтар (в варианте Мухтар), которое означает «избранный». В исламской традиции это одно из имён пророка Мухаммеда, а в бытовом обиходе — имя, которое давали в честь уважаемого предка. В русскоязычную среду оно попало через тюркские народы (татар, башкир, казахов), где Мухтар — распространённое личное имя. Носитель фамилии Мухтарнеко — потомок человека, которого в окрестностях называли просто Мухтар, а его дети и внуки стали «Мухтаровыми детьми», что в местном говоре превратилось в Мухтарнеко.

Словообразовательная модель проста: личное имя Мухтар + патронимический суффикс -еко, который по функции аналогичен русским -ов или -ин. Фамилия означала «сын Мухтара» или «человек из рода Мухтара». Интересно, что в отличие от массовых фамилий на -енко (Петренко, Иваненко), форма на -еко встречается реже и часто свидетельствует о том, что фамилия закрепилась в письменных источниках именно в польскоязычной среде, где звук «е» после шипящих и твёрдых согласных передавали по-своему.

Социальный контекст: предок-носитель имени Мухтар мог быть татарином-литвином, казаком или крестьянином, принявшим православие. В Великом княжестве Литовском татарские общины были многочисленны, и многие татары получали фамилии по имени отца с местными суффиксами. Если фамилия возникла в среде православных, то имя Мухтар — редкое для славянского крестьянства, что делает её особенно примечательной. Скорее всего, родоначальник был человеком не из местных — либо татарского происхождения, либо выходцем из южных степей, осевшим на западных землях.