Фамилия Мукобенова — один из тех редких случаев, когда происхождение можно определить почти наверняка, просто прочитав её вслух. Основа здесь прозрачна: «мука» и «бен». Второй компонент — это искажённое тюркское «бей» (господин, князь) или «бен» (я, в составе сложных имён). В русской среде тюркское «бей» часто переходило в «бек» или «бен», а в народном произношении могло звучать как «бень».

Таким образом, Мукобенова — это женская форма фамилии, образованной от прозвища или имени Мукобен. В основе лежит словосочетание «мука-бей» — «мучной князь» или «мучной господин». Это типичное для тюркских языков сложное прозвище, которое давали либо человеку, торговавшему мукой, либо владельцу мельницы, либо тому, кто был главным на хлебном рынке. В русском языке такие прозвания нередко калькировались или адаптировались: тюркское имя-прозвище обрастало русским суффиксом -ов, образуя фамилию Мукобенов, а затем и женскую форму.

Модель образования «основа + -ов» — самая массовая в русском ономастиконе. Она указывает, что фамилия закрепилась в среде, где русский язык уже был основным, а её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. В дворянской среде фамилии с таким «ремесленным» корнем почти не встречались. Суффикс женского рода -а здесь стандартен: Мукобенова — это «дочь или жена Мукобенова».

Интересно, что фамилия сохранила отчётливый тюркский след, но при этом не является ни чисто татарской, ни чисто русской. Она — продукт межэтнического контакта, где тюркское прозвище попало в русскую среду и было оформлено по русским грамматическим законам. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале, в зоне исторического смешения славянского и тюркского населения. Других версий происхождения, кроме «мучной» и «господской», у фамилии нет — корень слишком ясен, чтобы порождать альтернативные гипотезы.