Фамилия Мукабенова — редкий случай, когда географию происхождения можно определить почти наверняка. Основа фамилии указывает на тюркские корни, а суффикс «-ова» — на русскую грамматическую обработку. Вся конструкция типична для фамилий, которые сложились у народов Северного Кавказа, особенно у кумыков, ногайцев или карачаевцев, где фамилии часто образуются от личных имён, прозвищ или названий родовых групп.

Мужская форма — Мукабенов. В основе лежит имя или прозвище Мукабен. Разобрать его можно на две части: «Мука» и «бен». «Мука» — распространённый тюркский корень, который может восходить к арабскому имени Мухаммад (в местных диалектах часто редуцируется до «Мука»). Вторая часть — «бен» — в тюркских языках означает «сын» или «потомок» (ср. турецкое «oğlu» или кумыкское «улан»). Таким образом, Мукабен дословно переводится как «сын Муки» или «потомок Мухаммада». Это типичная патронимическая модель: сначала имя отца, потом указание на родство, а затем русский суффикс, превративший личное прозвище в наследственную фамилию.

Версия с арабским корнем «мукаб» (مقاب — «противоположный», «встречный») менее вероятна. В тюркской ономастике такие абстрактные прозвища встречаются редко, а конструкция «Мукаб + бен» как раз вписывается в распространённую модель образования имён у народов Дагестана и Предкавказья. У ногайцев, например, фамилии на «-ов» часто фиксировали именно такие двухчастные прозвища: Акабенов, Карабенов, где вторая часть всегда указывает на родство.

Написание фамилии — Мукабенова, а не Мукабенова с ударением на «е» — говорит о том, что в роду ударение сместилось на предпоследний слог, что характерно для русифицированных тюркских фамилий. Если бы ударение оставалось на последнем слоге (Мукабено́ва), это указывало бы на более позднюю и менее глубокую ассимиляцию.

Носители фамилии встречаются преимущественно в Ставропольском крае, Карачаево-Черкесии и Дагестане. Сословно предки Мукабеновых, скорее всего, относились к свободным общинникам или узденям (сословие воинов-землевладельцев у горских народов). Княжеских фамилий с такой моделью образования практически нет — там чаще использовались другие суффиксы или вовсе обходились без русских окончаний.