Фамилия Муканаев — характерный пример фамилии, сформированной в тюркоязычной среде и впоследствии адаптированной русской грамматикой. Её ядро — имя или прозвище Мукан, к которому добавился казахский патронимический суффикс -аев (фонетический вариант -ев после гласного «а»). В русской традиции этот суффикс воспринимается как фамильный, аналогичный окончанию -ов/-ев, что и дало итоговую форму Муканаев.

Корень «мукан» восходит к арабскому имени Муханна (или Муханнад), что значит «меч» или «тот, кто подобен мечу». В тюркских языках, особенно в казахском и киргизском, это имя могло упроститься до Мукан — так называли мальчиков, желая им твёрдости и силы. Встречается и другая версия: от слова «мука» — «мука, страдание», но она менее вероятна, так как имена с негативным значением в тюркской ономастике редки.

Географически фамилия Муканаев наиболее распространена в Казахстане, особенно в южных и западных областях — Кызылординской, Туркестанской, Атырауской. В России она встречается в среде казахов, переселившихся в Астраханскую, Оренбургскую и Омскую области. Встречается также у башкир и татар, но реже — у них основа могла быть иной, например, от слова «мукын» (устойчивый, крепкий).

По социальному происхождению носители фамилии — потомки свободных скотоводов или воинов, так как имя Мукан не было аристократическим, но и не относилось к рабам. Судя по суффиксу, фамилия оформилась в XIX — начале XX века, когда у казахов начали фиксировать родовые прозвания по отцу.

Сравните с однокоренными фамилиями: Муканов (без суффикса -аев), Мукашев, Мукатаев. Муканаев стоит особняком — он сохраняет более архаичную патронимическую конструкцию, что указывает на принадлежность к конкретному роду или аулу, где имя Мукан было особенно частым.