Фамилия Мукольян — редкий случай для русского ономастикона. Её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями, а указывает на армянские или, реже, греческие истоки. В основе фамилии лежит армянское имя или прозвище, которое может восходить к слову «мук» — в переводе с армянского «свеча», или к имени Мукуч — уменьшительной форме от Мкртич (Креститель). Суффикс «-ян» (или «-ьянц» в старой записи) — типичный армянский патронимический показатель, означающий «принадлежащий роду» или «сын такого-то». Таким образом, Мукольян — это потомок человека по имени Муко, Мукуч или носителя прозвища, связанного со свечой (возможно, свечника или церковного служителя).

В русской письменности фамилия могла появиться через переселенцев из Закавказья или греческих колоний Причерноморья, где встречаются похожие окончания. Важно отметить, что в русском языке ударение почти всегда падает на последний слог — Муколья́н, что тоже выдает нерусское происхождение. В отличие от фамилий на «-ов» или «-ин», которые указывают на географию расселения в центральной России, Мукольян привязана к регионам, где исторически жили армянские общины: Кубань, Ставрополье, Ростовская область, а также к Армении и странам Ближнего Востока.

Словообразовательная модель здесь простая: корень «мукол-» (от основы прозвища) плюс патронимический суффикс. Известных дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано — скорее всего, предки носителей были ремесленниками, торговцами или духовными лицами. Встречается также вариант написания «Муколян» (с одной «ь»), но он менее точен: мягкий знак в середине слова типичен для передачи армянского произношения на письме. Если вы ищете корни, стоит обратить внимание на армянские метрические книги и списки переселенцев XIX века — именно там фамилия могла сохранить первоначальную форму.