Фамилия Мукоян звучит на русский слух как типичная армянская, и это первое, что приходит в голову. Однако её происхождение не так однозначно, как может показаться. В армянском языке фамилии часто образуются с помощью суффиксов -ян/-янц, указывающих на принадлежность к роду. В таком случае Мукоян — это «из рода Муко» или «потомок Муко». Но что стоит за основой «Муко»? Скорее всего, это вариант имени или прозвища Мук (или Мука). В армянском слово «мук» (մուկ) означает «мышь». Прозвище могли дать человеку с тихим голосом, невысоким ростом или робким характером — по ассоциации с этим зверьком. Также «мук» в диалектах могло обозначать «смуглый» или «темный», что тоже могло стать основой для прозвища.

Есть и версия, что фамилия имеет не армянские, а тюркские корни, хотя встречается она реже. В тюркских языках «мук» — это «печаль» или «горе», а суффикс -ян мог прирасти позже, уже на русской почве. Однако это менее вероятно: для тюркских фамилий в Закавказье типичны другие окончания (-оглы, -заде), а -ян — маркер именно армянской модели. Скорее всего, Мукоян — это армянская фамилия, образованная от прозвища, которое дали по внешности или поведению.

Географически фамилия тяготеет к исторической Западной Армении (ныне восток Турции) и районам, где после геноцида 1915 года осели беженцы: Армения, Грузия, Краснодарский край России. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении, возможно, от конкретного родоначальника в одном селе. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Мукоян стоит в одном ряду с Мукаеляном или Мукояном — все они отталкиваются от одной основы, но различаются суффиксальными нюансами.

Таким образом, предки человека с фамилией Мукоян, вероятнее всего, были армянами, получившими родовое имя от предка по прозвищу Мук. Чем именно занимался этот предок — неизвестно, но прозвище указывает на его личные качества, а не на ремесло или сословие. Фамилия не несет следов дворянского происхождения или принадлежности к духовенству — это типичная крестьянская или ремесленная родовая метка.