Фамилия Мкоян — армянская, и ее основа лежит в древней традиции именования рода. Само слово «азганун», которым армяне обозначают фамилию, дословно переводится как «имя клана», и фамилия Мкоян — яркий пример такого родового имени. Она происходит от армянского личного имени Мкой, которое переводится на русский как «щедрый». Вероятно, изначально это имя выступало в качестве «пожелательного»: нарекая ребенка Мкоем, родители полагали, что их сын не будет ни в чем нуждаться и, лишь помогая и даря любовь людям, найдет в этой жизни счастье.

Нельзя исключить и другой смысловой оттенок: именование Мкой могло быть символичным названием самого рождения. В этом случае родители связывали появление ребенка со щедростью Бога, который наградил их таким великим счастьем. Так или иначе, в основе фамилии лежит не прозвище и не ремесло, а именно личное имя, что говорит о глубокой древности такого типа именований.

Словообразовательная модель здесь классическая для армянских фамилий: к основе Мко- добавляется патронимический суффикс -ян. Этот формант, как и его варианты, первоначально означал «из семьи таких-то» или «из рода таких-то». Соответственно, фамилия Мкоян поначалу имела значение «из рода Мкоя». Важно, что в отличие от русских фамилий, где суффикс указывает на отца (Иванов — сын Ивана), армянский -ян может отсылать к более дальнему предку, родоначальнику клана, что делает фамилию Мкоян не просто указанием на отца, а знаком принадлежности к целому роду, основанному некогда щедрым человеком по имени Мкой.