Фамилия Мокоян — армянская по происхождению, и её разговор стоит начать не с корня, а с суффикса. Типичное армянское окончание -ян (в старой записи -янц) означает «из рода такого-то» или «принадлежащий». Это аналог русских -ов/-ев, только ставится не после отчества, а после имени или прозвища основателя рода. В фамилии Мокоян основа — Мок (или Моко).

Самая вероятная версия: Мокоян образована от личного имени Мок или Моко. В армянском именослове встречается имя Мок (Мокк), которое может быть сокращением от более длинных имён, например, от Мовсес (Моисей) — через народную форму Мокес. По другой версии, основа восходит к прозвищу, связанному с армянским словом «мок» — «туман» или «мгла». Такое прозвище могли дать человеку с рассеянным взглядом, задумчивому, либо тому, кто жил в туманной местности. Однако прозвищная версия менее убедительна: в армянских фамилиях чаще закрепляются имена, а не нарицательные слова в прямом значении.

Есть и географическая привязка. В исторической Армении существовала область Мокк (Мокс), расположенная к югу от озера Ван. Жителей этой области называли мокеци, а выходец оттуда мог получить фамилию Мокоян — «из Мокка». Это распространённая модель: десятки армянских фамилий образованы от названий местностей (например, Ширакаци, Арцруни). Версия с топонимом выглядит правдоподобно, но требует оговорки: фамилия Мокоян не так часта, как, скажем, Мкртчян или Петросян, что может говорить о локальном происхождении — из конкретного села или рода, а не целой области.

По словообразованию фамилия проста: корень Мок- + суффикс -о- (соединительный или принадлежащий диалектной форме) + -ян. В армянском языке нет жёсткого правила, каким суффиксом оформлять основу: наряду с Мокоян существует вариант Мокян (без промежуточного -о-), который встречается реже. Мокоян — более полная, «отяжелённая» форма, характерная для западных диалектов армянского языка (диаспоры, беженцев из Западной Армении). Носители фамилии, скорее всего, ведут род из исторической Западной Армении (территория современной Турции) и после геноцида 1915 года расселились по разным странам.

Социальный контекст: как и большинство армянских фамилий на -ян, Мокоян не указывает на сословие. Среди армян фамилии такого типа носили и крестьяне, и ремесленники, и священники, и князья. Определить, кем были предки конкретного Мокояна, без генеалогического исследования невозможно. Зато можно уверенно сказать, что фамилия древняя — армянские фамилии в форме на -ян фиксируются с XV–XVII веков, а топонимическая версия уводит корни ещё глубже, во времена Армянского царства.