Фамилия Макоян — типичный пример армянской родовой фамилии, образованной по модели «имя + патронимический суффикс». Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) — один из самых распространённых в армянской ономастике, он указывает на принадлежность к роду или клану, примерно как русские -ов/-ев или -ин. Первоначально такие фамилии отвечали на вопрос «из чьих ты?»: Макоян значит «из рода Макоя».

В основе фамилии лежит личное имя Макой. Это уменьшительная форма от архаичного православного мужского имени Македон. Само имя Македон восходит к названию древней страны на Балканском полуострове — Македонии. В переводе с греческого это слово обычно толкуют как «высокая земля» или «высокогорный край», а само имя, соответственно, означало «выходец из Македонии». Имя Македон встречалось в святцах и было известно на Руси, но в армянской среде оно могло бытовать как через церковные календари, так и через культурные связи с Византией.

Важно уточнить: хотя имя Македон и его производные имеют христианское происхождение, в армянской традиции такие фамилии не обязательно указывают на прямое родство с конкретным Македоном. Скорее, Макой — это внутрисемейное, обиходное прозвище, которое закрепилось за основателем рода. Со временем форма Макой стала самостоятельным именем, от которого и пошла фамилия Макоян.

Слово «азганун», которое иногда упоминают в связи с армянскими фамилиями, на самом деле переводится как «фамилия» (буквально «имя рода»). То есть фамилия Макоян — это и есть азганун рода Макоянов. Все армянские фамилии на -ян изначально несли значение «из семьи таких-то» или «из рода таких-то», и Макоян здесь не исключение.

Географически фамилия Макоян распространена прежде всего в Армении и в армянских диаспорах. В России она встречается реже, чем типичные русские фамилии, но её носители живут и в крупных городах, и в регионах с армянскими общинами. Из-за схожести с русскими фамилиями на -ян (например, Арутюнян, Степанян) Макоян иногда ошибочно приписывают к русскому или украинскому антропонимикону, но её армянское происхождение не вызывает сомнений.

По сословной принадлежности предки Макоянов могли быть кем угодно — от крестьян до ремесленников или купцов. Армянские фамилии не несут в себе указания на социальный статус так явно, как, скажем, русские дворянские фамилии на -ский. Поэтому сказать что-то конкретное о занятиях предков без дополнительных генеалогических данных невозможно.