Фамилия Мадоян — армянская по происхождению, и её разумнее всего разбирать не через славянские суффиксы, а через армянскую патронимическую модель. Ключевой элемент здесь — окончание -ян, которое в армянском языке указывает на принадлежность: «из рода такого-то», «сын такого-то». Это самая распространённая фамильная модель в Армении, аналогичная русским суффиксам -ов/-ев или -ин.

Основа фамилии — Мадо. Это краткая форма от армянского личного имени Мадос или Матевос (армянский вариант имени Матфей). В армянском языке имя Матевос означает «дар Яхве» (от древнееврейского), но в быту и в диалектах оно нередко сокращалось до Мадо, Мадик. Соответственно, Мадоян — это «сын Мадо», то есть потомок человека по имени Мадо (Матевос).

Встречается и другая, менее вероятная, версия: связь с армянским словом «мад» — «мать». Но в фамилиях такая основа редка: обычно «мать» входит в состав прозвищ с другим смыслом, а не как прямое указание на родство. Гипотеза с именем Матевос выглядит куда правдоподобнее и подтверждается типовой моделью образования армянских фамилий.

Географически фамилия Мадоян распространена в основном в Армении и в армянских диаспорах — в России, США, Франции, Ливане. В России её носители чаще всего живут в Краснодарском крае, Ставрополье, Ростовской области и в Москве — то есть там, где исторически сложились крупные армянские общины. Сословного барьера у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и ремесленники, и священники, поскольку имя Матевос было популярно во всех слоях общества.

Интересная деталь: в армянской ономастике фамилии на -ян редко меняли форму при миграции, в отличие от русских фамилий, которые могли русифицироваться. Мадоян и в XIX веке, и сейчас пишется одинаково — это один из признаков того, что фамилия сохранила первоначальную армянскую огласовку без заимствованных суффиксов.