Фамилия Малдоян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -ян. Этот суффикс, означающий принадлежность к роду («из рода такого-то»), в Армении вытеснил более древние формы на -унц и -енц. В русской традиции фамилии на -ян часто записывались без изменений, хотя в советское время могла появляться русифицированная версия Малдов.

Основа фамилии — Малд — скорее всего, восходит к армянскому имени или прозвищу Малд. В армянском языке слово «малд» имеет несколько значений. Самое прямое — «овчарня», «загон для скота» или «стойло». В этом случае фамилия могла указывать на род занятий: предок мог быть пастухом, владельцем скота или жить рядом с загоном. Однако есть и более редкое значение — «кладовая», «амбар», что также отсылает к хозяйственной деятельности.

Гораздо интереснее версия, связывающая основу с тюркским влиянием. В тюркских языках, с которыми армяне веками соседствовали, слово «мал» означает «скот», «имущество», «богатство». Суффикс -ды/ты в тюркских языках образует прилагательные обладания (как русское -ат-). Таким образом, «малды» — «богатый скотом», «имущий». Армянская фамилия Малдоян вполне могла возникнуть от тюркского прозвища Малды, которое дали зажиточному скотоводу. Эта версия объясняет необычную для армянского языка основу на -д, которая не типична для исконно армянских корней.

Географически фамилия Малдоян распространена в Армении, а также в армянских диаспорах России, Грузии и стран Ближнего Востока. Встречаются варианты написания Малдоянц, которые сохраняют древний суффикс принадлежности -ц (от -енц). В России фамилия редкая и, как правило, однозначно указывает на армянское происхождение носителя.