Фамилия Малоян — армянская, и её основа, имя Мало, допускает несколько толкований. Слово «мал» в тюркских языках означает «скот»; у кочевых народов скот служил главным мерилом достатка, поэтому имя с таким корнем могли дать ребёнку как пожелание будущего богатства. Другая версия возводит имя Мало к узбекскому «малла» — «светлый». Наконец, Мало может быть краткой формой армянских имён Малат («жасмин») или Малум («венец света»).

Сама фамилия образована по стандартной армянской модели с суффиксом -ян, который первоначально означал принадлежность к роду («из семьи таких-то»). Таким образом, Малоян — это «из рода Мало».

Фамилия фиксируется в документах начала XX века. В Книге памяти Республики Башкортостан упомянут армянин Малоян Мхитар Мкртычевич, родившийся в 1889 году в Турции и работавший истопником Уфимского пединститута. Эта запись — редкое документальное свидетельство бытования фамилии в среде армянских переселенцев.

Стоит обратить внимание на то, что ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Малоя́н, что типично для армянских фамилий, распространённых в России. Фамилия нечастая, её носители встречаются в основном на юге России, в Краснодарском и Ставропольском краях, а также в регионах с армянскими диаспорами.