Фамилия Махоян — яркий пример армянской модели фамилии, застывшей в суффиксе -ян. Этот суффикс, восходящий к древнеармянскому -янц («из рода такого-то»), превращает любое личное имя или прозвище в указание на принадлежность к клану или потомкам. В русском языке такие фамилии часто получали окончание -ов или -ев, но в случае Махоян исходная армянская форма сохранилась без русификации, что указывает на относительно позднюю фиксацию фамилии в документах — скорее всего, в XIX–XX веках.

Основа фамилии — Махо — скорее всего, является краткой или диалектной формой армянского личного имени. Самый вероятный источник — имя Махак (Махак), которое в свою очередь восходит к древнеармянскому слову «мах» (смерть) или к авестийскому «маха» (луна). В армянской ономастике имена с корнем мах- нередко давали как обереги — считалось, что «смертное» имя отпугнет злых духов от ребенка. Менее вероятная версия — связь с тюркским словом «мах» (гвоздь) или с арабским «маху» (стирание, уничтожение), но для армянской среды эти корни нетипичны.

Суффикс -о- в основе Махо- может быть результатом редукции или народной этимологии: в диалектах имя Махак могло звучать как Махо, а затем закрепиться в фамилии. Встречаются и другие армянские фамилии с такой же структурой — Махоян, Махокян, Махакян, что подтверждает продуктивность этой модели в разных областях исторической Армении.

Географически фамилия Махоян распространена преимущественно среди армян, происходящих из Западной Армении (исторические области Васпуракан, Туруберан) и из регионов, пострадавших от геноцида 1915 года. Многие носители фамилии оказались в диаспоре — в России, США, Ливане, Сирии. Внутри России фамилия чаще встречается в Краснодарском крае, Ростовской области и в Москве — в местах компактного проживания армянских общин.

Социальный контекст: фамилия Махоян не указывает на принадлежность к дворянству или духовенству. Армянские фамилии на -ян в массе своей — крестьянские и ремесленные, они фиксировали родство, а не сословие. Предки современных Махоян могли быть земледельцами, скотоводами или мелкими торговцами, а сама фамилия изначально отвечала на вопрос «чей ты?» — «из рода Махо».