Прозвище Муконя, от которого пошла фамилия Муконин, в народной традиции связывали с мукой. Но кем именно был тот самый Муконя — вопрос, который стоит разобрать внимательнее. Самая прямая версия: так называли мукомола или торговца мукой. Человека, чей двор и телега пропахли мучной пылью, вряд ли звали иначе. Однако у прозвища есть и второй, более бытовой смысл. Муконей могли окрестить поваренка, чья работа заключалась в приготовлении подлив и мучных заправок — на Руси такие соусы называли мучными болтушками, и готовить их было делом хлопотным. Прозвище закреплялось за человеком по его занятию, а уже потом превратилось в фамилию, когда потомки стали Мукониными.

Существует и менее правдоподобная версия, выводящая Муконю из тюркского имени Мукан. Его переводят как «слуга, наемный работник» или «испытывающий, пробующий». Но против этой гипотезы говорит простое языковое чутьё: русское ухо легко связывает прозвище с мукой, а вот тюркские корни в крестьянской среде, где фамилия явно зародилась, были бы скорее исключением. Поэтому основной версией остаётся именно «мучная» — она объясняет и форму прозвища, и его бытовую природу.

Сама фамилия Муконин образована по стандартной русской модели: к основе Муконя добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность. То есть Муконин буквально означает «сын Мукони», а со временем это отчество застыло в фамилию. Такая словообразовательная схема характерна для прозвищ, которые давали по ремеслу или занятию, и она же подсказывает, что предки носителей фамилии были людьми простого звания — скорее всего, крестьянами или посадскими.